정부는 혁신도시로 이전한 공공기관 직원의 경제적 부담 경감 등을 위하여 세종시로 이전한 공무원과 마찬가지로 이주수당(2년간 월 20만원), 주택 취득세 감면 등의 지원을 하고 있다.

이와 함께 혁신도시가 소재한 지자체에서는 이전기관 직원들의 조기 정착을 위하여 각 지자체별 실정에 따른 이전지원계획(’11.4월)을 자체 수립하여 이주정착금, 자녀 전·입학지원금 등을 지원하고 있다.

이러한 지원책은 공공기관 조기 정착에 따른 지방세수 증가*, 지역경제 활성화 효과 등을 감안하여 약속했던 사항을 이행하는 차원이다.
* (예) 광주·전남 혁신도시가 소재하는 나주시의 경우 혁신도시에서 ’14년 156억원, ’15년 이후 연 500억원 이상 지방세 수입이 예상(전남도 추정)

혁신도시 아파트 공급의 경우도 이전기관 직원에게 전체 물량의 최고 70%까지를 특별공급*할 수 있도록 하고 있다.
* 일반공급분과 동일한 분양가 적용. 실제 특별공급 받은 물량은 전체 공급 물량 (43,904호)의 17%(7,666호) 수준(’14.7월 기준)

다만, 특별분양을 받은 주택의 일부(863호, 11%)는 직원 전보, 가족이주 곤란(배우자 직장, 자녀 교육 등) 등의 사유로 전매제한기간 이후에 되팔은 것으로 파악되고 있다.